中国人民解放军联勤保障部队第九八七医院前身是1939年创建于延安的八路军军医院。1951年为适应抗美援朝需要，在陕西宝鸡扩编组建解放军第三医院。2018年11月按照上级命令，原解放军第三医院组建成中国人民解放军联勤保障部队第九八七医院。

医院总建筑面积17.34万平方米，主营区坐落于宝鸡市金台区东风路45号，建筑面积14.78万平方米。