安徽医科大学第二附属医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复等多功能于一体的三级甲等现代化综合性医院。医院于2008年开诊，2013年率先在安徽省按照原卫生部部颁标准通过国家三级医院等级评审。2017年初，医院以高分通过JCI国际认证（Joint Commission International, 医疗机构评审联合委员会国际部），成为安徽省首家获得JCI认证、全国第十家以学术型医学中心医院通过JCI评审的大型公立医院。医院现拥有1个国家临床重点专科建设项目，13个省临床重点专科，省级临床研究中心1个,教育厅重点实验室1个；2023年获国家自然基金立项33项，位列全国医院前五十强。省科技进步奖9项，省级教学成果一等奖1项；9个学科位居中国医学院校科技量值全国百强；在国家卫生健康委公布的2022年度全国三级公立医院绩效考核（国考）中位列全国71名，连续三年稳居A+等级。

近年来，医院先后荣获 全国卫生先进单位 全国创先争优先进基层党组织 、 全国医院文化建设先进单位 全国城市医院思想政治工作先进单位 全国百姓放心示范医院 称号，连续四年获得全国 改善医疗服务 示范表彰 。2022年，获全国 公立医院高质量发展示范案例奖 ，连续两年荣获 安徽省服务行业居民满意度调查 医疗行业第一名。2021年获得 安徽省十佳履行社会责任最满意单位 、中国现代医院管理典型案例等荣誉称号，医院近20名医护人员获得 中国好人 安徽好人 合肥好人 最美医生 等荣誉称号。2024年，获评首批 全国卫生健康思想政治工作标杆单位 、荣获2023年度党建引领公立医院高质量发展优秀典型案例。